南苑中学创建于1958年4月，原名为虬桥农业中学，借用虬桥中心校校舍上课。1959年9月，虬桥农业中学与朱桥乡新民农业中学合并，成立城西农业中学，校舍搬迁至胜利大队杨家生产队。1972年2月学校增设高中班。1972年4月学校改名为城西中学，校舍搬迁至嘉黄公路南、嘉黄公路二号桥东。1979年9月开办建筑中专班，于1983年7月毕业。1980年改名为嘉西中学，1981年高中部停办。1983年9月又开办农业技术职业班，1986年春季职业班毕业，学校成为初级中学。1988年8月学校搬迁至嘉定县嘉黄公路254号新校舍。嘉定工业区于1992年10建立后，于1995年8月建立南苑中学，当时的南苑中学、南苑小学在同一校舍，地址为嘉定区富蕴路281号。1997年2月嘉西中学与南苑中学合并，成立新的南苑中学，校舍为嘉定区嘉黄公路254号。
2004年8月学校搬迁至嘉定区普惠路350号新校舍。学校占地32774平方米，建筑面积17259.25平方米，绿化用地面积11878平方米。
学校拥有标准理化生实验室3间，音乐教室1间，舞蹈房1间,美术教室1间，计算机机房2间，科技活动室4间,图书室4间，多功能教室1间，阶梯教室1间,录播教室1间；配置了“绿色创学”长廊、室内体育馆、室内乒乓房、心理辅导室、资源教室、书画室、水彩苑、教研活动室、各类会议室等。
学校现有23个教学班,学生802人，外来务工子女占38%。77位教职员工，在编专任教师69人，其中高级教师15人，占21.7%，中级教师40人，占57.9%；区、镇、校级骨干教师14人，工业区教坛新秀2人；区名师工作室成员3人；区学科中心组成员2人。
学校以“乐学”为办学理念，努力构建“乐教善导”的品质学园、“凝炼素养、彰显特色”的彩墨校园、“动脑动手、实践体验”的创新乐园，让校园成为师生健康成长的乐园。学校坚持“德育见行、学习见效、特色见长”的培养目标，以学校龙头课题《引导学生乐学善思的“南苑学习单”的设计与使用研究》为抓手，通过设计和使用“南苑学习单”，让学生达到自信，学得快乐；倡导教师研究学习单的“一单三用”，实现以学定教。通过学习单从课内到课外，从校内到校外的延伸研究和落实，努力让师生感受学校 的“乐”（在校园）“活”（在延伸）“美”（在育人）。
学校先后荣获全国第一批学校体育工作示范校、市教卫系统文明单位、市“依法治校”示范学校、市“花园单位”、市安全文明校园、市少先队示范校、上海市A级财务信用单位、食堂管理市A级单位、区“新优质”项目学校，区办学先进单位、区行为规范示范校、区未思工作示范校、区科技特色项目学校、区科技教育特色示范学校、区民族文化培训项目基地学校、区规范收费诚信单位、区“燎原计划”项目学校、区“品质”项目学校等多项荣誉。
